ראש הממשלה בנימין נתניהו אכן ממנה את ראש המוסד, בהתאם לחוק שקובע כי המוסד כפוף ישירות לראש הממשלה. עם זאת, הטענה כי היועצת המשפטית לממשלה ובג"ץ אינם מעורבים בתהליך אישור המינוי אינה נכונה. במקרה הנוכחי של מינוי האלוף רומן גופמן לראש המוסד, היועצת המשפטית לממשלה גלי בהרב-מיארה התנגדה למינוי וטענה ל"פגמים בטוהר המידות" ו"פגמים מהותיים" בהליך. היועמ"שית אף פנתה לבג"ץ בעניין. בית המשפט העליון (בג"ץ) אכן התערב וקבע ב-19 במאי 2026 כי עבודת הוועדה המייעצת למינויים בכירים (ועדת גרוניס), שאישרה את המינוי, "לקתה בחסר". בג"ץ הורה לוועדה לדון שוב במינוי, לראיין גורמים רלוונטיים נוספים (כגון אורי אלמקייס ותא"ל ג') ולהגיש חוות דעת מעודכנת. התערבות זו מדגימה כי הן היועצת המשפטית לממשלה והן בג"ץ ממלאים תפקיד משמעותי בתהליך אישור מינויים בכירים, כולל ראש המוסד, ויכולים לבחון את תקינות ההליך והמועמד, ובכך להשפיע באופן מהותי על המינוי.