בשטחי יהודה ושומרון קיימת מערכת שיפוט צבאית נפרדת אשר פועלת לצד בתי המשפט האזרחיים בישראל, ובמקרים מסוימים קיימת סמכות שיפוט מקבילה. הפרקליטות הצבאית, בראשה עומד הפרקליט הצבאי הראשי (פצ''ר), אחראית על אכיפת הדין בצה"ל ועל הגשת כתבי אישום נגד חיילים המבצעים עבירות ביטחוניות או פליליות. הפצ''ר קובע את מדיניות אכיפת הדין והחקירה בצה"ל ומופקד על הגשת כתבי אישום באמצעות התובע הצבאי הראשי. כאשר מדובר בעבירות שבוצעו על ידי אזרחים ישראלים באזור, לבתי המשפט בישראל ולבתי המשפט הצבאיים יש סמכות מקבילה, וההחלטה היכן להגיש את כתב האישום נתונה לשיקול דעתה של התביעה הכללית. תפקידו של שר הביטחון הוא להוות השר הממונה מטעם הממשלה על הצבא והוא בעל השפעה על קביעת מדיניות כללית באזור, כפי שניתן לראות בדוגמת חוק עונש מוות למחבלים. עם זאת, אין הוא מקבל החלטות ישירות לגבי הגשת כתבי אישום ספציפיים או בחירה בין ערכאות שיפוט.