על פי חוק יסוד: נשיא המדינה, לנשיא המדינה נתונה הסמכות לחון עבריינים ולהקל בעונשם. סמכות זו חלה גם על הרשעות שהוטלו על ידי בתי דין צבאיים בישראל, וחיילים שהורשעו על ידי בית דין צבאי רשאים להגיש בקשה לחנינה לנשיא המדינה. יש לציין כי סמכות הנשיא אינה חלה על בקשות חנינה הנוגעות לתיקים שנדונו בבתי המשפט הצבאיים באזור יהודה ושומרון, ובמקרים אלה יש לפנות ליועץ המשפטי באזור יהודה ושומרון. בנוסף לנשיא המדינה, קיימות רשויות נוספות המוסמכות למחול או להקל בעונשים בבתי דין צבאיים, ובהן שר הביטחון, הרמטכ"ל וראשי המחוזות השיפוטיים, כל אחד בתחום סמכותו.