הטענה כי מיקי לוי נתן הוראה לירות בראשו של מחבל כפות נכונה. בשנת 2002, כאשר כיהן כמפקד מחוז ירושלים, הורה לוי לירות בראשו של מחבל שאותר עם חגורת נפץ ליד בית חנינה. המחבל היה כפות לאחור ושכב על הקרקע, ולאחר ניסיונות כושלים לנטרל את חגורת הנפץ, ולאחר שהחבלן התריע שהדרך היחידה לנטרלו היא בירייה בראשו, ניצב לוי קיבל החלטה והורה לירות. אירוע זה תועד בזיכרון דברים שהוגש לבג"ץ על ידי לוי, ופורסם בהרחבה בכלי התקשורת.