אגף הפרדה בכלא נועד לבודד אסירים מאחרים, ולכן אינו מאפשר התכנסות של עשרה גברים הנדרשים לקיום תפילה במניין. זוהי מגבלה הנובעת מעצם מהות ההפרדה הביטחונית או המשמעתית. יחד עם זאת, תפילה יחידנית היא זכות בסיסית של אסירים ואסור למנוע אותה, אלא במקרים חריגים ביותר הנוגעים לביטחון המיידי. מאי גולן מתארת נכונה את המצב הקיים באגפי הפרדה בבתי הכלא, כולל כלא צבאי, שבו התפילה במניין בלתי אפשרית בשל אופי ההפרדה, אך תפילה אישית מותרת.