בתי הכלא הצבאיים בישראל מפעילים אגפי הפרדה (תאי צינוק) המיועדים להחזקת כלואים בסיכון. כלואים אלו כוללים כאלה המפגינים התנהגות מסכנת, נמצאים בסיכון עצמי, או כאלה שנדרשת לגביהם הפרדה מסיבות ביטחוניות או משמעתיות. דו"ח ביקורת של הסניגוריה הציבורית על יחידות הכליאה של צה"ל מיולי 2017 מציין כי "אגפי ההפרדה בבתי כלא צבאיים מיועדים להחזקת כלואים בסיכון, כלואים שנדרש לגביהם צו הפרדה, או כלואים הנמצאים בהליכים משמעתיים חמורים". קיומם של כלואים יחידים בהשגחה בשל התנהגות מסכנת תואם את ייעודם של אגפים אלו.