על פי נוהל הגשת בקשות חנינה בישראל, כפי שמופיע באתר משרד המשפטים ובאתר בית הנשיא, הציבור אכן פונה למחלקת החנינות שבמשרד המשפטים. מחלקה זו אמונה על קבלת הבקשות, איסוף כלל החומרים הרלוונטיים (כגון פסקי דין, חוות דעת של גורמי אכיפה ושיקום) וגיבוש המלצה לנשיא המדינה. נשיא המדינה הוא בעל הסמכות החוקית להחליט אם להעניק חנינה, וקבלת ההמלצה ממחלקת החנינות היא חלק בלתי נפרד מתהליך בחינת הבקשה.