גדעון סער הוא בן יחיד להוריו יחזקאל וברונקה סער. עם זאת, הוא צוטט בעבר בהתייחסות לאחיו עופר סער (מנישואיו השניים של אביו), שהוא בחיים. הטענה שלשני אחיו נפלו בשירות צבאי אינה נכונה. אין כל מידע פומבי או פרסומים המעידים על כך שלגדעון סער היו שני אחים שנפלו בעת שירותם הצבאי. מידע ביוגרפי זמין מצביע על כך שהיה לו אח אחד (מצד אביו), והוא אינו בין חללי צה"ל.