הכותל הקטן, הממוקם בתוך מנהרות הכותל ומגיע לעומק רב מתחת למפלס הרחוב, נחשב לחלק בלתי נפרד מהכותל המערבי ההיסטורי. אולם, בניגוד לרחבת הכותל המערבי המרכזית, שבה הרבנות הראשית לישראל (באמצעות רב הכותל) קובעת את הסדרי התפילה וההלכה, הכותל הקטן מנוהל בפועל על ידי הקרן למורשת הכותל המערבי בשיתוף עם רשות העתיקות. לגופים אלו יש את הסמכות המנהלית והארכיאולוגית על המתחם, ולא לרבנות הראשית באופן ישיר. לכן, הטענה שאינו בסמכות הרבנות הראשית היא נכונה בהקשר של ניהול ואכיפת סדרי תפילה ספציפיים.