במהלך דיונים שונים בבג"ץ בעתירות שהוגשו נגד שר המשפטים (דוגמת אלו הקשורות לאי כינוס הוועדה לבחירת שופטים), עו"ד יורם שפטל, אשר ייצג את השר, אכן טען כי גורמים שונים ובכללם מכון זולת עומדים מאחורי העתירות. בנוסף, מכון זולת (Zulat for Equality and Human Rights) מתועד כארגון המקבל מימון משמעותי ממוסדות שונים, כולל האיחוד האירופי. מימון זה, הנאמד במאות אלפי אירו בפרויקטים שונים, נחשב ל"מימון ביד רחבה" בשיח הפוליטי הישראלי הנוגע לארגוני חברה אזרחית.