הטענה כי האחים המוסלמים הוא ארגון טרור נכונה חלקית. מספר מדינות, כולל מצרים, ערב הסעודית ואיחוד האמירויות, אכן הכריזו על האחים המוסלמים כארגון טרור. עם זאת, מדינות מערביות רבות, כמו ארה"ב ובריטניה, אינן מגדירות אותו כך. לגבי הקשר לחמאס, חמאס אכן נוסד בשנת 1987 כסניף הפלסטיני של האחים המוסלמים ורואה עצמו כחלק מהתנועה האידאולוגית של האחים המוסלמים. אולם, מאז הקמתו, חמאס התפתח לארגון בעל אוטונומיה משמעותית, עם הנהגה משלו וזרוע צבאית רחבה, שאינה נתונה לפיקוח ישיר של הנהגת האחים המוסלמים. לכן, הגדרתו כ'זרוע פוליטית' בלבד של האחים המוסלמים אינה מדויקת ומהווה פישוט יתר של מערכת היחסים המורכבת ביניהם.