ממשלת ישראל, באמצעות משרדי ממשלה שונים (כגון משרד הפנים והשירותים הדתיים), מפקחת על כלל ההקדשים הדתיים במדינה. עם זאת, היקף ואופי המעורבות שונים באופן מהותי בין הווקף המוסלמי לווקף הנוצרי. הווקף האיסלאמי בירושלים, המנהל את מתחם הר הבית/אל-אקצא, כפוף לאפוטרופסות ירדנית אך נמצא תחת שליטה ביטחונית ישראלית נרחבת, הגבלות גישה ורגולציות עירוניות, מה שמוביל לטענות תכופות על התערבות. לעומת זאת, בעוד שהווקפים הנוצריים מתמודדים אף הם עם רגולציה ממלכתית ומחלוקות רכוש, רמת ההתערבות הישירה, היומיומית והטעונה פוליטית של הממשלה הישראלית בניהול הפנימי של אתריהם הקדושים ונכסיהם נתפסת כפחותה באופן משמעותי מזו הקיימת לגבי הווקף המוסלמי, במיוחד באזורים בעלי רגישות פוליטית ודתית גבוהה.