תפקידו של היועץ המשפטי לממשלה הוא לשמש כפרשן החוק ומגן על שלטון החוק, ולא רק כעורך דין המשרת את הממשלה. מטבע הדברים, תפקיד זה מוביל לעיתים קרובות להתנגשויות עם עמדות הממשלה או להגבלת פעולותיה, במיוחד כאשר יש חשש לאי-חוקיות. ההיסטוריה הפוליטית של ישראל רוויה בדוגמאות ליועצים משפטיים לממשלה, כולל אליקים רובינשטיין, מני מזוז, יהודה ויינשטיין, אביחי מנדלבליט וגלי בהרב-מיארה, שקיבלו החלטות או הציגו עמדות משפטיות שהתנגשו עם מדיניות הממשלה, מנעו פעולות שהממשלה ביקשה לבצע, או פתחו בחקירות נגד גורמים ממשלתיים. דוגמאות בולטות לכך הן החלטות היועמ"ש בנוגע לתיקים פליליים של ראשי ממשלה ושרים, או התנגדויות למהלכים חקיקתיים או מינויים ממשלתיים. לכן, הטענה ש"אף פעם לא היה" יועץ משפטי כזה שגויה במהותה ומתעלמת מההיבט המהותי של עצמאות תפקיד היועץ המשפטי.