משרד התפוצות והמאבק באנטישמיות פרסם בינואר 2026 ממצאי חקירה מקיפה המתעדת קשרים ישירים ושיטתיים בין ארגון "רופאים ללא גבולות" (MSF) לבין ארגוני הטרור חמאס והג'יהאד האסלאמי הפלסטיני. החקירה חשפה כי פאדי אל-וואדיה, פעיל צבאי של הג'יהאד האסלאמי שחוסל על ידי צה"ל ביוני 2024, הועסק במקביל על ידי MSF כפיזיותרפיסט. הזרוע הצבאית של הג'יהאד האסלאמי אף אישרה כי אל-וואדיה היה מפקד בארגון הטרור. דוגמה נוספת שהוצגה הייתה חמדי עבד אל-עזיז א-שלפוה, מחבל חמאס בכיר וצלף שחוסל על ידי צה"ל בספטמבר 2024, אשר הועסק גם הוא ב-MSF. בנוסף, ארגון "רופאים ללא גבולות" עצמו הודה בפברואר 2026 כי היו חמושים, חלקם רעולי פנים, בתוך מתחם בית החולים נאצר בעזה, וציין מקרים של הפחדת מטופלים, מעצרים שרירותיים וחשד להעברת נשק, מה שהוביל להשעיית חלק מפעילותו במקום. השר עמיחי שיקלי התייחס לדברים וציין כי יש בידי ישראל לפחות שני מקרים מתועדים של פעילי MSF שהיו מעורבים ישירות בטרור.