מספר רב של מקורות עדכניים, כולל דיווחי חדשות וארגוני זכויות אדם, מאשרים כי הכפרים הבלתי-מוכרים בנגב סובלים ממחסור חמור ואף מוחלט במיגון בסיסי כגון מקלטים, ממ"דים ומיגוניות, וכן מתשתיות חירום כמו מערכות התרעה. תושבי הכפרים נאלצים לאלתר פתרונות מיגון באמצעות מחסות מאולתרים כמו בורות שנחפרו, מכולות קבורות באדמה או הסתתרות מתחת לכפות טרקטורים וגשרים. מאז אוקטובר 2023 ועד סוף מרץ 2026, דווח על הרוגים ופצועים רבים בכפרים אלו כתוצאה מפגיעות רקטות, והדבר הדגיש את מצוקת המיגון. על פי מחקר מינואר 2026, רק 2% מהכפרים הלא מוכרים מכוסים במיגוניות, ועל כל מקלט שהוצב ביישוב בדואי ישנם קרוב ל-54 אלף בני אדם. דו"ח מבקר המדינה מינואר 2026 הצביע על כך שלשליש מתושבי המדינה אין נגישות למיגון תקני, ושיעור המקלטים הציבוריים ביישובים ערביים נמוך מאוד. ארגוני חברה אזרחית ומועצת הכפרים הבלתי מוכרים עתרו לבג"ץ בנושא, אך העתירה נדחתה בינואר 2025, כאשר בית המשפט קיבל את עמדת המדינה לפיה היא פועלת לצמצם את פערי המיגון.