מבקר המדינה מופקד על ביקורת מוסדות המדינה, לרבות משרדי ממשלה, רשויות מקומיות, מוסדות ממלכתיים וחברות ממשלתיות, כפי שמוגדר בחוק מבקר המדינה. הביקורת על חברות ממשלתיות היא חלק בלתי נפרד מסמכויותיו ותפקידיו ומתבצעת באופן שוטף מזה עשרות שנים. דוחות רבים פורסמו לאורך השנים על חברות ממשלתיות כמו חברת החשמל, רכבת ישראל, דואר ישראל, חברות נמלי הים ועוד. לכן, הטענה כי זו הפעם הראשונה שהמבקר מבקר 'חברה שלמה' אינה נכונה כלל, וגם לא נכון שהוא אינו מבקר את משרדי הממשלה, שכן ביקורת משרדי ממשלה היא ליבת תפקידו.