ביהודה ושומרון פועלות שתי מערכות משפט מקבילות. אזרחים ישראלים המתגוררים באזור כפופים לחוק הישראלי, המורחב אליהם באמצעות תקנות שעת חירום וצווים צבאיים. לעומת זאת, האוכלוסייה הפלסטינית תושבת יהודה ושומרון כפופה למשפט הצבאי, לצווים צבאיים ולמערכת בתי דין צבאיים. מערכת משפטית זו, על שלל הוראותיה ותקנותיה, אכן חלה באופן ייחודי על פלסטינים תושבי יהודה ושומרון ואינה חלה על קבוצות אוכלוסייה אחרות באזור, כמו אזרחים ישראלים, או על פלסטינים תושבי ישראל.