המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים כפוף למשרד ראש הממשלה, ופעילותו נתונה לאחריותו של ראש הממשלה. ראש הממשלה הוא הסמכות הממנה את ראש המוסד. אף על פי שמבנהו וסמכויותיו של המוסד אינם מוסדרים בחקיקה באופן מפורש כמו צה"ל או השב"כ, כפיפותו הישירה לראש הממשלה מעניקה לו סמכות פיקודית עליו.