הטענה כי חקירה משמעתית נפתחה נגד רואי כחלון בינואר 2025 היא אכן נכונה. היועצת המשפטית לממשלה גלי בהרב-מיארה הורתה על פתיחת בדיקה משמעתית נגד כחלון בינואר 2025, במהלך דיון בבג"ץ שעסק במינויו לממלא מקום נציב שירות המדינה. החקירה עסקה, בין היתר, בטענות לאי דיוק בפרטים שהופיעו בקורות החיים שלו.