ראש הממשלה דאז, אהוד ברק, קיבל את ההחלטה על הנסיגה מלבנון בשנת 2000 ונחשב לאחראי לה, כולל על השלכותיה על צד"ל. כמו כן, ברק מוכר כמי שהגה את רעיון "הצבא הקטן והחכם" כאשר כיהן כרמטכ"ל בשנות ה-90. עם זאת, הטענה שגדי איזנקוט היה "הקמב"ץ שלו" (ראש המטה שלו) בתקופת כהונתו של ברק כראש ממשלה שגויה. איזנקוט כיהן כמזכיר הצבאי של ראש הממשלה אהוד ברק בין השנים 1999–2001. הוא מונה לרמטכ"ל צה"ל רק בשנת 2015.