מערכת החינוך החרדי, במיוחד במוסדות לבנים (ה'חינוך העצמאי' ומוסדות הפטור), אינה מקיימת באופן מלא את תוכנית לימודי הליבה הנדרשת על ידי משרד החינוך. הדבר כולל היעדר או מיעוט משמעותי של לימוד מקצועות בסיסיים כמו מתמטיקה, אנגלית, מדעים ואזרחות. מצב זה מתועד היטב בדוחות מבקר המדינה, מחקרים שונים ופרסומים תקשורתיים, ונחשב לאתגר מרכזי בהשתלבות בוגרי המערכת החרדית בשוק העבודה ובחברה הכללית בישראל.