חקירות שנערכו לאחרונה על ידי משרד המפקח הכללי של הסוכנות האמריקאית לפיתוח בינלאומי (USAID OIG) קשרו למעלה מ-100 עובדי אונר"א בהווה ובעבר לחמאס, כולל מעורבות במתקפות 7 באוקטובר 2023. נמצא כי חלק מעובדי אונר"א שימשו כמפקדי מחלקות בחמאס, צלפים, או עסקו בהעברת טילי נ"ט. הערכות מודיעין ישראליות מצביעות על כך שלפחות 12% מעובדי אונר"א בעזה הם חברים בחמאס או בארגוני טרור אחרים. בנוסף, צה"ל חשף עדויות נרחבות לניצול שיטתי של תשתית אונר"א על ידי חמאס, לרבות מנהרות ומרכז נתונים תת-קרקעי מתחת למטה הראשי של אונר"א בעזה, וכן שימוש בבתי ספר ובמתקני אונר"א לפעולות צבאיות, מרכזי פיקוד ושליטה ואחסון נשק. בעוד שמנהיגות אונר"א הכחישה לעיתים קרובות ידיעה על פעילויות אלו, גורמים ישראלים הצהירו כי הנהלת אונר"א עודכנה על התעללויות אלו במשך שנים מבלי לנקוט בפעולות משמעותיות. ממצאים אלו תומכים בטענה שאונר"א מעניקה מחסה למחבלים ומאפשרת למתקניה לשמש כמפקדות של חמאס, מה שמוביל למסקנה כי היא הפכה לזרוע של חמאס.