ראש ממשלת ישראל נחשב לאחראי העליון על ביטחון המדינה. בנימין נתניהו עצמו הצהיר בעבר, למשל בפני ועדת וינוגרד בשנת 2010, כי 'האחריות של הקברניט היא של ראש הממשלה' וכי 'האחריות על ביטחון מדינת ישראל היא של הקברניט המופקד, ראש הממשלה'. הצהרה זו חזרה על עצמה גם בתגובתו של נתניהו לעתירות לבג"ץ במאי 2026, שם נאמר כי 'האחריות על ביטחון המדינה ואזרחיה מופקדת בידי ראש הממשלה, ורק בידיו'. חוות דעת משפטית שהוזמנה על ידי נתניהו בקיץ 2023 אף קבעה כי בישראל 'התפתח נוהג – אפשר לומר נוהג חוקתי – לפיו על ראש הממשלה מוטלת אחריות מיוחדת להובלת הביטחון הלאומי במובנו הרחב'. בנוסף, המוסד לביטחון לאומי (INSS) מציין כי הממשלה (וראש הממשלה) הם הדרג הקברניטי המופקד על צה"ל, וראש הממשלה הוא הדרג המדיני העליון והאחראי על הביטחון הלאומי.