פרשת אלטלנה היא אירוע מכונן ומרכזי בהיסטוריה של מדינת ישראל, ונלמדת באופן מקיף בתוכניות הלימודים בהיסטוריה בבתי הספר העל-יסודיים. היא מהווה חלק בלתי נפרד מהחומר לבחינות הבגרות בהיסטוריה, במסגרת לימודי הקמת המדינה, מלחמת העצמאות והקמת צה"ל, ומשמשת כדוגמה לדילמות פנימיות ולאתגרי הדמוקרטיה הישראלית. בנוסף, לאור משמעותה לסוגיות של אחדות לאומית, ממלכתיות ומניעת מלחמת אחים, הפרשה אכן נדונאת ומוצגת לעיתים קרובות במסגרת שעות החינוך החברתי בכיתות י'-י"ב, כחלק מחינוך לערכים אזרחיים ודמוקרטיים, גם אם לא כפריט חובה ספציפי בתכנית לימודים פורמלית של חינוך חברתי.