מערכת החינוך החרדית בישראל אכן מתאפיינת בעצמאות רבה, כאשר רוב המוסדות נמצאים בבעלות פרטית ומקבלים מימון ציבורי משמעותי. תקציב המדינה העביר מיליארדי שקלים לחינוך החרדי, ובפרט לרשתות החינוך העצמאי ומעיין החינוך התורני, וכן למוסדות פטור ללא לימודי ליבה. דוחות מבקר המדינה מצביעים על כך שחלק ניכר מתלמידי המגזר החרדי, במיוחד בנים, אינם לומדים לימודי ליבה מלאים, וישנו פיקוח חלקי בלבד על מוסדות אלו. בעוד שהביטוי 'מדינה חרדית עצמאית' הוא רטורי, הוא מתאר את מידת האוטונומיה וההפרדה של מערכת החינוך החרדית מהממלכתית. קיימים זרמים אידיאולוגיים בתוך המגזר החרדי שנחשבים כ'אנטי ציוניים' ואינם מחנכים לערכי המדינה או מתנגדים לה, והם פועלים בתוך מערכת חינוך זו הממומנת מכספי ציבור.