הטענה לפיה קיימים ניגודי עניינים מובנים בכפיפותה של מח"ש לפרקליטות המדינה נתמכת על ידי מספר גורמים רשמיים ומקצועיים. דוח מבקר המדינה ממאי 2023 קבע כי כפיפות זו, לצד שיתוף הפעולה ההדוק בין הפרקליטות למשטרה, עלולה להציב אתגר הטומן בחובו ניגוד אינטרסים מבני. ועדה מקצועית שהוקמה בעקבות דוח המבקר הגישה באפריל 2025 את מסקנותיה לשר המשפטים, והמליצה על כינון מח"ש כיחידה עצמאית ובלתי תלויה, תוך ציון כי כפיפותה לפרקליטות עלולה להציג ניגוד עניינים מבני. דברי ההסבר לחוק החדש המפריד את מח"ש מהפרקליטות מציינים כי עבודה משותפת וקרובה זו יוצרת ניגוד עניינים חריף.